Los informes del Observatorio Andalusí los realiza la Unión de Comunidades Islámicas de España (UCIDE), en colaboración con el Consejo Musulmán de Cooperación en Europa. Según el último informe de la UCIDE, publicado en 2023, en España hay 2.412.344 de musulmanes, de los cuales 1.326.751 son de nacionalidad extranjera y 1.085.593 tienen la nacionalidad española.
En un primer informe de este Observatorio, a fecha de 2003, se otorgaba un censo estimado de 525.000 creyentes, la mitad de los cuales tenían nacionalidad española. Además, ya se usaba el término «islamofobia», acompañado de una crítica a las administraciones españolas por no ayudarlas económicamente, ya que «el Estado aconfesional solo ayuda al sostenimiento económico de la confesión mayoritaria».
Aunque estas entidades en concreto se fundaron como tal entre 1980 y 1990, su origen en la península surge entre las décadas de los 50 y 60. En el marco de la política exterior cultural, España firmaría varios tratados de amistad y convenios culturales con países árabes (Líbano, Jordania, Irak, Siria, Yemen, Arabia Saudí) y del norte de África (Marruecos y Argelia), permitiendo la entrada de estudiantes musulmanes, quienes vinieron a cursar estudios universitarios.
Estos universitarios conformaron pequeñas asociaciones locales hasta expandirse por el resto de la península, fundando las primeras asociaciones a nivel nacional. El primer caso es el del Centro Islámico de Granada, o Centro Estudiantil Musulmán de Granada, fundado en 1963 bajo el marco legal del régimen el Fuero de los Españoles de 1945 y, un año más tarde, amparado por la Ley de Asociaciones 191/1964, de 24 de diciembre. La Asociación de Estudiantes Musulmanes en España, o Unión Estudiantil Musulmana en España, fue fundada en 1966, siguiendo el ejemplo de Hermanos Musulmanes residentes en Europa (con sede en Ginebra).
En 1967 se decreta en España la primera ley que permitía a los musulmanes organizarse en asociaciones confesionales. Un año después, se creó el Registro de Asociaciones Confesionales no católicas y de ministros de culto no católicos en España, en virtud del artículo 36 de la Ley 44/1967. Es entonces cuando una escisión del Centro Islámico de Granada constituyó la Asociación Musulmana de España (AME), de la que surgieron muchas asociaciones, como la actual UCIDE, en cuyas filas se encontraba el fundador de la AME, el imán Riay Tatary.
En 1980, se promulga la Ley Orgánica de Libertad Religiosa, ahora en vigor, y en cuyas negociaciones previas que Riay Tatary participó activamente. Con ello constituía la UCIDE, con sede en Madrid, creándose también la Federación Española de Entidades Religiosas Islámicas (FEERI).
Ambas asociaciones procedieron a constituir conjuntamente la Comisión Islámica de España (CIE) en 1992, fruto de un Acuerdo de Cooperación con el Estado. Este acuerdo no contemplaba el capítulo de la financiación directa por parte del Estado, a través del Impuesto sobre la Renta de las Personas Físicas (IRPF) como la Iglesia Católica, aunque sí empezaron a recibir subvenciones más tarde.
Cuatro años después, en Estrasburgo (Francia), se fundaba Consejo Musulmán de Cooperación en Europa. Entre los fundadores estaba la Unión de Comunidades Islámicas de España (UCIDE) de la Comisión Islámica de España (CIE), la mezquita de Estrasburgo, el Consejo Central de los Musulmanes de Alemania, el Consejo Supremo de los Musulmanes en Bélgica, la mezquita Adda’wa de París y la Comunidad Religiosa Islámica Italiana (COREIS).
Las primeras ayudas públicas llegaron a las federaciones y comunidades que conformaban la CIE con la creación de la Fundación Pluralismo y Convivencia. Esta fundación, del Sector Público Estatal, estaba adscrita al Ministerio de Justicia desde el 15 de octubre de 2004. Fue creada para subvencionar a las confesiones religiosas minoritarias, que tienen firmados acuerdos de cooperación con el Estado español.
A partir del año 2010, la Fundación Pluralismo y Convivencia comenzó a otorgar subvenciones a otras federaciones además de a la FEERI y la UCIDE, llegando a ser subvencionadas hasta un total de 18 federaciones islámicas, tanto con carácter estatal como autonómico. Desde 2016, la CIE recibe ayudas directas de la Fundación Pluralismo y Convivencia.
En 2021, la policía implicó al líder islámico Riay Tatary, fundador de la UCIDE, en la financiación del yihadismo desde 2016, junto a Aiman Adlbi, presidente de la Comisión Islámica de España.
