El acuerdo ha generado un rechazo amplio entre agricultores y ganaderos europeos. Denuncian desigualdades en las exigencias impuestas a los productores de ambos bloques. La UE aplica estrictas regulaciones en bienestar animal, sostenibilidad y productos fitosanitarios. En contraste, los países del Mercosur tienen normas más laxas que abaratan sus costos de producción. Esto crea una desventaja competitiva para los europeos, que enfrentan mayores costos para cumplir con los estándares comunitarios.

El incumplimiento frecuente de normas medioambientales por parte del Mercosur también ha sido criticado. En septiembre de 2023, el Mercosur rechazó incluir compromisos vinculantes en sostenibilidad y medidas ambientales. Este rechazo fue visto como una falta de compromiso con los convenios internacionales y un obstáculo para modernizar sus políticas. Según datos del Instituto Nacional de Investigaciones Espaciales de Brasil (INPE), la deforestación en la región amazónica alcanzó aproximadamente 10.000 km² en 2023, afectando gravemente los esfuerzos globales contra el cambio climático. Esto contrasta con las metas de la UE para reducir las emisiones de gases de efecto invernadero en un 55% para 2030.

El presidente de COGECA, Lennart Nilson, expresó su preocupación: «Los agricultores y cooperativas de la UE no se oponen al comercio pero este tratado no es equilibrado ni justo. El sector agropecuario se usa como moneda de cambio en beneficio de otras industrias». Las importaciones de carne de vacuno y ave del Mercosur, podrían aumentar con el tratado, intensificando la presión sobre los productores locales. Estas importaciones representan más del 70% de las importaciones totales de la UE en estos productos a día de hoy.

Massimiliano Giansanti, presidente de Confagricoltura, también criticó el acuerdo. Declaró que «Los Estados miembros y el Parlamento Europeo deben cuestionar este tratado y buscar una solución más equitativa para proteger el modelo agropecuario de la UE». Los agricultores europeos temen una posible pérdida de hasta 1,5 millones de empleos en el sector agrícola si no se implementan salvaguardias eficaces; esto incrementaría las tensiones sociales y económicas en las zonas rurales.

En España, asociaciones como ASAJA han rechazado el tratado. Según ASAJA, «este acuerdo comercial agravará la presión económica sobre agricultores y ganaderos. Ya enfrentan altos costos de producción y condiciones climáticas adversas». En 2023, los costos de insumos agrícolas en Europa aumentaron un promedio del 15%, según datos de Eurostat. A su vez, los los márgenes de los agricultores se redujeron debido a la competencia global y los efectos del cambio climático.

El tratado, aunque histórico, aún debe ser ratificado por los 27 Estados miembros de la UE y los países del Mercosur. Las críticas y tensiones anticipan un camino difícil hacia su implementación. Además, Francia y otros países, como Austria e Irlanda, han manifestado su oposición debido a preocupaciones relacionadas con la sostenibilidad y la competencia desleal. Estos países son clave para formar una minoría de bloqueo en el Consejo Europeo.