Corría el año 1501, cuando a los antiguos mudéjares se les obligó a recibir el bautismo o a ser expulsados de los reinos peninsulares, originándose pues la minoría morisca en la España de los Austrias. La decisión de bautizarlos partió del cardenal Cisneros, ya que él observó como en Granada, diez años después de ser reconquistada, seguía manteniéndose cual ciudad musulmana.

A diferencia de los judíos en 1492, que tomaron en su mayoría la decisión del exilio, el grueso de musulmanes aceptó el bautismo. Ante estos bautizados, que habían sido tan poco catequizados, se establecieron diferencias sociales, y se privó a estos cristianos nuevos de acceder a ciertos estudios, cargos, honores o distinciones.

En esta época gobernada por los Reyes Católicos, el objetivo se puso en alcanzar la unidad nacional, ya que existían ciertas diferencias institucionales entre Castilla y Aragón, y una falta de unidad religiosa en la península. En teoría se alcanzó dicha unión, pero en la práctica las diferencias culturales y sociales entre los cristianos viejos y los nuevos eran notables. Los cristianos nuevos se aferraron a sus señas de identidad, mientras que los viejos marginaron a los nuevos bajo el término «Limpieza de Sangre».

Al principio los moriscos podían frenar mediante el pago de ducados, las iniciativas sobre la obligación de que estos abandonasen su lengua y sus costumbres. Pero la tensión entre moriscos y cristianos viejos se fue acrecentando en el tiempo, y la prórroga que se les concedió durante 40 años expiró en 1566.

Estos pensaron que nuevas contribuciones resolverían sus problemas, pero con la llegada de Felipe II, la intransigencia en materia religiosa creció mucho. Las tensiones entre moriscos y cristianos alcanzaron su punto álgido en la Guerra de las Alpujarras, que acabó a los 3 años gracias a los tercios. En la navidad de 1567, se dió una rebelión en el barrio granadino del Albaicín, que rápido se extendió por las comarcas montañas y llevó a un largo conflicto.

Ante la amenaza de los otomanos en el Mediterráneo, se extendió la sospecha de que los moriscos actuarían de quinta columna ante un posible ataque otomano en la península. De hecho, estos no podían tener armas ni acercase a la costa desde 1663. Ya en 1571 se les dispersó por comarcas de Castilla en un intento de asimilarlos, pero estos siguieron viviendo en comunidades aisladas del resto de la población en las que seguían practicando sus tradiciones. En 1608 el duque de Lerma planteó por primera vez en una reunión con Felipe III la expulsión de los moriscos y ya en 1609, el rey firmó en el Alcázar de Segovia el decreto de expulsión de los moriscos.