Al-Ándalus no fue ese ejemplo de tolerancia y convivencia que a menudo quieren mostrar diversos «expertos». A lo largo de su historia se dieron múltiples conflictos entre árabes, bereberes, muladíes, cristianos y judíos; y a su vez entre facciones árabes y bereberes. Uno de los más importantes fue la rebelión de Omar Ibn Hafsún, un noble muladí que se convirtió al cristianismo, bautizándose con el nombre de Samuel. Agrupó bajo su estandarte a mozárabes y muladíes descontentos con el gobierno del emir de Córdoba.

El dominio musulmán de la península llegó con la invasión del año 711. El rey godo Rodrigo sufrió una derrota en la batalla de Guadalete ese mismo año y murió en la misma. Tras esto el ejército del Califato Omeya se hizo con el control de la Hispania visigótica. Este dominio no fue absoluto debido a la rebelión en Asturias de Pelayo en el año 718, que logró asentar un reino cristiano gracias a las victorias de Covadonga (722).

La conquista trajo consigo la conversión al islam de gran parte de la población hispanorromana y goda, que en aquel momento ya se hallaba entremezclada. Los nuevos conversos fueron llamados muladíes, los que preservaron la fe cristiana fueron conocidos como mozárabes. La conversión al islam se debe en gran medida a que los no musulmanes, los dhimmies o protegidos, debían pagar un tributo extra per cápita: la yizia. También a las ventajas sociales que traía la conversión explica este hecho. Sin embargo, a pesar de la teórica tolerancia, religiosa hubo persecuciones religiosas y contestaciones a estas. No en vano muchos mozárabes huyeron a los reinos cristianos del norte, hasta que en el año 1126, los almorávides, realizaron una expulsión de todos los mozárabes. Les  arrojaron al norte de África, y les prohibieron como destino los reinos cristianos. Muchos cristianos sufrieron el martirio, como el caso de los mártires de Córdoba varios años antes a la rebelión de Ibn Hafsún.

Fue durante el Emirato de Córdoba, independiente del Califato Abasí desde el año 756, cuando Ibn Hafsún se sublevó. Según las fuentes árabes, descendía de un comes (conde) del periodo visigótico. Sin duda provenía de una familia de conversos. Desde la invasión los árabes fueron el grupo dominante en Al-Ándalus y tuvieron la primacía en los asuntos del estado. Ya durante el siglo VIII esto provocó enfrentamientos con los bereberes, que se sentían relegados a un segundo plano. Los muladíes también manifestaron un fuerte descontento ante el despotismo de los emires, como en la Revuelta del Arrabal de Toledo en el año 818.  Por lo que en el momento del inicio de la rebelión de Ibn Hafsún, ya existía un clima de malestar, fruto en gran medida de cargas tributarias abusivas y de una creciente centralización del poder. 

En el año 878 Ibn Hafsún inició su rebelión apoyado por un reducido número de hombres, con los que construyó la fortaleza de Bobastro. Desde su bastión realizó incursiones calificadas de bandolerismo por sus contemporáneos árabes hasta el año 883. En ese año en un intento de atajar la rebelión, se intentó incorporar a Ibn Hafsún al ejército emiral. Pero a los dos años volvió al camino de la insurrección. 

Ganó muchos adeptos a su causa, principalmente entre muladíes y mozárabes. Según las fuentes árabes, se ganó pacíficamente buena parte de la Cora (provincia) de Málaga, llegando hasta el mar. En el año 888 el emir al-Mundir atacó a los rebeldes pero murió mientras asediaba el bastión de Bobastro. Su sucesor, el emir Abd Allah, en un contexto de inestabilidad y revueltas en todo el emirato, trató de negociar infructuosamente con Ibn Hafsún ofreciéndole ser co-gobernador de la Cora. Este rechazó la oferta lanzándose a la ofensiva, completando su dominio sobre la Cora de Málaga por la fuerza. No tuvo éxito en su expansión por la zona de Algeciras pero sí por el valle del Guadalquivir. Tomo Estepa, Osuna y Écija. Paralelamente estableció alianzas estratégicas con otros opositores al poder central, ya fueran muladíes, árabes o bereberes. 

Para dar legitimidad a sus actos, estableció contactos con el Emirato Aglabí en el norte de África, leal al califa de Bagdad. Posteriormente con los fatimíes, que eran chiítas. En el año 899 se bautizó y  acogió a un obispo en Bobastro, donde edificó una iglesia. Defendió la causa cristiana y ayudo a promover el chiísmo, una corriente del islam muy minoritaria en la península ibérica. 

Las cosas se pusieron complicadas para Ibn Hafsún cuando en 891 el emir Abd Allah tras ir recobrando varias ciudades como Écija o Jaén en el año 903. La rebelión quedó otra vez enclaustrada en la cora malagueña, pero no será hasta el reinado de Abderramán III cuando se ponga fin al conflicto en el 916. Ibn Hafsún, murió en el año 918, sus hijos continuaron la rebelión pero fueron derrotados finalmente en el año 928. Cuando Abderramán III tomó la ciudadela de Bobastro exhumó el cuerpo de Ibn Hafsún y lo crucificó junto con dos de sus hijos en castigo por su apostasía del islam. Su hija Argéntea fue martirizada y ejecutada por el mismo motivo. 

La conversión de Ibn Hafsun se vio como una maniobra política para ganar adeptos, pero le hizo perder apoyos entre los muladíes. El núcleo de su territorio era una zona rural, donde presumiblemente persistía más el cristianismo, de la misma manera que lo hizo el paganismo anteriormente. A pesar de que algunos autores defienden que volvió a abrazar el islam, esto no explica porque Abderramán III crucificó sus restos mortales y mandó ejecutar a todos sus hijos menos a uno, ademas de martirizar a su hija Argéntea por apostasía. Las alianzas que estableció con otros rebeldes árabes, muladíes y bereberes, así como los contactos diplomáticos con los fatimíes, son una prueba clara de un intento por establecer un poder permanente en el territorio y obtener un reconocimiento de otros estados. Para legitimar su figura creó una genealogía que muchos han calificado como falsa, en la que hizo remontar su linaje hasta un godo llamado Alfonso, recordando el neogoticismo imperante en el Reino de Asturias, fortalecido especialmente por los cristianos y mozárabes exiliados.

No hay que despreciar la dimensión religiosa de la rebelión de Omar Ibn Hafsun, personaje a menudo comparado con Don Pelayo como ejemplo de resistencia frente al islam. La diferencia es que Pelayo triunfó y estableció un reino cristiano y el legado de Ibn Hafsún o Samuel sucumbió ante el poderoso Abderramán III, futuro califa de Al-Ándalus