La Santa Sede nombró el 29 de mayo Comisario Pontificio al arzobispo de Burgos, dándole poderes sobre las monjas clarisas que han protagonizado durante las últimas semanas un pequeño cisma en la Iglesia Católica. En las próximas semanas, tras poder recuperar el control de la situación, el Papa preguntará a las monjas si finalmente deciden mantenerse en la Iglesia Católica o no. 

Toda esta situación fue iniciada por la madre abadesa del convento, Sor Isabel de la Trinidad, cuando publicó una carta en la que expresamente anunciaba la salida de su congregación de la Iglesia Católica para acogerse a la tutela de Pablo de Rojas Sánchez-Franco, autodenominado obispo. En la misma carta afirmó no reconocer la autoridad de los Papas posteriores a Pío XII, abrazando así las tesis sedevacantistas. En la carta también dejó entrever la verdadera motivación de la decisión, que fue la no autorización por parte del obispado para ejecutar la venta de ciertas propiedades de las clarisas para así poder hacer frente a las deudas contraídas para adquirir otras propiedades. 

En la carta, Sor Isabel acusa a la Iglesia de y al obispado de actuar despojando a las comunidades más «tradicionales» de sus inmuebles, para así poder repartirlas entre otras comunidades y silenciarlas. Y al mismo tiempo poder vender los inmuebles sin que las comunidades desplazadas puedan emplear ese dinero. 

Con el nombramiento como Comisario Pontificio del arzobispo de Burgos, la Iglesia ha comenzado su proceso judicial interno para poner solución al conflicto. La Iglesia se rige internamente por el código de derecho canónico, sistema que regula el funcionamiento de la Iglesia y los diferentes derechos y obligaciones de sus miembros. Mario Iceta ha prohibido la entrada de Pablo de Rojas –el falso obispo– al convento y a continuación ha revocado el nombramiento de Sor Isabel como madre abadesa, por lo que el convento será gestionado por él hasta la elección de una nueva madre abadesa. Esta respuesta canónica por parte de la Iglesia está acompañada por una respuesta judicial civil, ya que ante la administración pública el derecho canónico no tiene validez alguna. 

El «obispo» Pablo de Rojas, siguiendo el camino que abrió el obispo vietnamita, Ngo Dinh Thuc, se reconoció abiertamente sedevacantista, no reconociendo la autoridad papal a partir de Pío XII. Este mismo obispo es quien ordenó sacerdotes a los líderes de la Iglesia Palmariana: Clemente Rodríguez y Manuel Alonso Corral. Pablo de Rojas, mantiene una pequeña comunidad cristiana en el centro de Bilbao, la Pía Unión de San Pablo Apóstol, que no guarda relación alguna con la Iglesia Católica (a quienes consideran herejes) y que mantiene a su vez dos seminarios para formar a sus propios sacerdotes. 

Pero el grupo liderado por Pablo de Rojas, al igual que la Iglesia Palmariana, son grupos reducidos y con poco poder de expansión, cuenta con aproximadamente 500 miembros repartidos entre el País Vasco y las regiones límitrofes. Éste grupo intenta, sin demasiado éxito, vincularse a otros grupos pertenecientes a la Iglesia Católica como lo son el Opus Dei o la Fraternidad Sacerdotal San Pío X (FSSPX), fundada por Marcel Lefebvre. Ésta última es la mayor fraternidad o grupo de la Iglesia Católica contraria a los principios emanados del Concilio Vaticano II, pero permaneciendo dentro de la Iglesia al no adoptar posturas sedevacantistas. La FSSPX sí cuenta con una mayor presencia internacional, con presencia en más de 50 países y aproximadamente 700 sacerdotes en sus filas.

El sedevacantismo es considerado una posición herética o cismática por parte de la Iglesia Católica, y quien lo promueva quedará expulsado de la misma. La excomunión es el destion al que puede enfrentarse tanto Sor Isabel, la abadesa que escribió la carta, como todas aquellas hermanas que decidan mantenerse fieles a las posiciones de su superiora. Todas aquellas que decidan aceptar la autoridad papal no verán ningún cambio en su estado dentro de la Iglesia, ya que el obispado considera que la decisión de abandonar la Iglesia Católica es una decisión unilateral de un grupo reducido de monjas.

En las próximas semanas se conocerá el número de monjas que finalmente decidan abrazar las tesis sedevacantistas y abandonar la Iglesia Católica. Lo que parece es que, tras la intervención de la Santa Sede y el nombramiento del Comisario Pontificio, la situación entra ya en el terreno administrativo y judicial y se conocerá si la congregación realmente está dispuesta a ser excomulgada o, por el contrario, todo ha sido fruto de la manipulación de la madre abadesa.